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Suba datos en BD

¿Por qué mi organización debería subir datos a BD?

  • Capacidad de cruzar sus bases con datos de diferentes organizaciones de forma simple y fácil. Ya hay cientos de conjuntos de datos públicos de las mayores organizaciones de Brasil y del mundo presentes en nuestro data lake.

  • Compromiso con la transparencia, calidad de los datos y desarrollo de mejores investigaciones, análisis y soluciones para la sociedad. No solo democratizamos el acceso a datos abiertos, sino también datos de calidad. Tenemos un equipo especializado que revisa y garantiza la calidad de los datos añadidos al data lake.

  • Participación en una comunidad que crece cada vez más: miles de periodistas, investigadores(as), desarrolladores(as), ya utilizan y siguen la Base de los Datos.

Paso a paso para subir datos

¿Quieres subir datos a BD y ayudarnos a construir este repositorio? ¡Maravilloso! Organizamos todo lo que necesitas en el manual a continuación en 8 pasos

Para facilitar la explicación, seguiremos un ejemplo ya listo con datos de RAIS.

Puedes navegar por las etapas en el menú de la izquierda.

¡Sugerimos encarecidamente que te unas a nuestro canal en Discord para resolver dudas e interactuar con el equipo y otros(as) colaboradores(as)! 😉

Antes de empezar

Algunos conocimientos son necesarios para realizar este proceso:

  • Python, R, SQL y/o Stata: para crear los códigos de captura y limpieza de los datos.
  • Línea de comandos: para configurar tu ambiente local y conexión con Google Cloud.
  • Github: para subir tu código para revisión de nuestro equipo.

¿No tienes alguna de estas habilidades, pero quieres colaborar?

Tenemos un equipo de datos que puede ayudarte, solo únete a nuestro Discord y envía un mensaje en #quiero-contribuir.

¿Cómo funciona el proceso?

1. Elegir la base y entender más de los datos

Mantenemos la lista de conjuntos para voluntarios en nuestro Github. Para empezar a subir una base de tu interés, solo abre un nuevo issue de datos. Si tu base (conjunto) ya está listada, solo marca tu usuario de Github como assignee

Tu primer trabajo es completar la información en el issue. Esta información te ayudará a entender mejor los datos y será muy útil para el tratamiento y el llenado de metadatos.

Cuando finalices esta etapa, llama a alguien del equipo de datos para que la información que has mapeado sobre el conjunto ya entre en nuestro sitio!

2. Descargar nuestra carpeta template

Descarga aquí la carpeta template y renómbrala como <dataset_id> (definido en el issue del paso 1). Esta carpeta template facilita y organiza todos los pasos de aquí en adelante. Su estructura es la siguiente:

Solo la carpeta code será commitada para tu proyecto, los demás archivos existirán solo localmente o en Google Cloud.

3. Completar las tablas de arquitectura

Las tablas de arquitectura determinan cuál es la estructura de cada tabla de tu conjunto de datos. Definen, por ejemplo, el nombre, orden y metadatos de las variables, además de compatibilizaciones cuando hay cambios en versiones (por ejemplo, si una variable cambia de nombre de un año a otro).

Cada tabla del conjunto de datos debe tener su propia tabla de arquitectura (hoja de cálculo), que debe ser completada en Google Drive para permitir la corrección por nuestro equipo de datos.

Ejemplo: RAIS - Tablas de arquitectura

Las tablas de arquitectura de RAIS pueden ser consultadas aquí. Son una excelente referencia para que empieces tu trabajo ya que tienen muchas variables y ejemplos de diversas situaciones que puedes encontrar.

Para completar cada tabla de tu conjunto sigue este paso a paso:

Al inicio y final de cada etapa consulta nuestro manual de estilo para garantizar que estás siguiendo la estandarización de BD

  1. Listar todas las variables de los datos en la columna original_name
    • Obs: Si la base cambia el nombre de las variables a lo largo de los años (como RAIS), es necesario hacer la compatibilización entre años para todas las variables completando la columna de original_name_YYYY para cada año o mes disponible
  2. Renombrar las variables según nuestro manual en la columna name
  3. Entender el tipo de variable y completar la columna bigquery_type
  4. Completar la descripción en description según el manual
  5. A partir de la compatibilización entre años y/o consultas a los datos brutos, completar la cobertura temporal en temporal_coverage de cada variable
    • Obs: Si las variables tienen la misma cobertura temporal que la tabla completar solo con '(1)'
  6. Indicar con 'yes' o 'no' si hay diccionario para las variables en covered_by_dictionary
  7. Verificar si las variables representan alguna entidad presente en los directorios para completar el directory_column
  8. Para las variables del tipo int64 o float64 verificar si es necesario incluir una unidad de medida
  9. Reordenar las variables según el manual

Cuando termines de completar las tablas de arquitectura, contacta con el equipo de Base de los Datos para validar todo. Es necesario que esté claro el formato final que los datos deben tener antes de empezar a escribir el código. Así evitamos el retrabajo.

4. Escribir código de captura y limpieza de datos

Después de validadas las tablas de arquitectura, podemos escribir los códigos de captura y limpieza de los datos.

  • Captura: Código que descarga automáticamente todos los datos originales y los guarda en /input. Estos datos pueden estar disponibles en portales o enlaces FTP, pueden ser raspados de sitios, entre otros.

  • Limpieza: Código que transforma los datos originales guardados en /input en datos limpios, guarda en la carpeta /output, para, posteriormente, ser subidos a BD.

Cada tabla limpia para producción puede ser guardada como un archivo único o, si es muy grande (por ejemplo, por encima de 200 mb), ser particionada en el formato Hive en varios sub-archivos. Los formatos aceptados son .csv o .parquet. Nuestra recomendación es particionar tablas por ano, mes y sigla_uf. El particionamiento se hace a través de la estructura de carpetas, ve el ejemplo abajo para visualizar cómo.

Ejemplo: RAIS - Particionamiento

La tabla microdados_vinculos de RAIS, por ejemplo, es una tabla muy grande (+250GB) por eso nosotros particionamos por ano y sigla_uf. El particionamiento se hizo usando la estructura de carpetas /microdados_vinculos/ano=YYYY/sigla_uf=XX .

Estándares necesarios en el código

  • Deben ser escritos en Python, R o Stata - para que la revisión pueda ser realizada por el equipo.
  • Puede estar en script (.py, .R, ...) o notebooks (Google Colab, Jupyter, Rmarkdown, etc).
  • Las rutas de archivos deben ser atajos relativos a la carpeta raíz (<dataset_id>), es decir, no deben depender de las rutas de tu computadora.
  • La limpieza debe seguir nuestro manual de estilo y las mejores prácticas de programación.

Ejemplo: PNAD Continua - Código de limpieza

El código de limpieza fue construido en R y puede ser consultado aquí.

Ejemplo: Actividad en la Cámara Legislativa - Código de descarga y limpieza

El código de limpieza fue construido en Python puede ser consultado aquí

5. (Si es necesario) Organizar archivos auxiliares

Es común que las bases de datos sean disponibilizadas con archivos auxiliares. Estos pueden incluir notas técnicas, descripciones de recolección y muestreo, etc. Para ayudar a los usuarios de Base de los Datos a tener más contexto y entender mejor los datos, organiza todos estos archivos auxiliares en /extra/auxiliary_files.

Siéntete libre de estructurar sub-carpetas como quieras allí dentro. Lo que importa es que quede claro qué son estos archivos.

6. (Si es necesario) Crear tabla diccionario

Muchas veces, especialmente con bases antiguas, hay múltiples diccionarios en formatos Excel u otros. En Base de los Datos unificamos todo en un único archivo en formato .csv - un único diccionario para todas las columnas de todas las tablas de tu conjunto.

Detalles importantes de cómo construir tu diccionario están en nuestro manual de estilo.

Ejemplo: RAIS - Diccionario

El diccionario completo puede ser consultado aquí. Ya posee la estructura estándar que utilizamos para diccionarios.

7. Subir todo a Google Cloud

¡Todo listo! Ahora solo falta subir a Google Cloud y enviar para revisión. Para esto, vamos a usar el cliente basedosdados (disponible en Python) que facilita las configuraciones y etapas del proceso.

Como existe un costo para el almacenamiento en storage, para finalizar esta etapa necesitaremos proporcionarte una api_key específica para voluntarios para subir los datos en nuestro ambiente de desarrollo. Así que únete a nuestro canal en Discord y llámanos en 'quiero-contribuir'

Configura tus credenciales localmente

7.1 En tu terminal instala nuestro cliente: pip install basedosdados.

7.2 Ejecuta import basedosdados as bd en python y sigue el paso a paso para configurar localmente con las credenciales de tu proyecto en Google Cloud. Completa la información como sigue: 

    * STEP 1: y
    * STEP 2: basedosdados-dev  (colocar el .json pasado por el equipo de bd en la carpeta credentials)
    * STEP 3: y
    * STEP 4: basedosdados-dev
    * STEP 5: https://api.basedosdados.org/api/v1/graphql

Sube los archivos a la Cloud

Los datos pasarán por 3 lugares en Google Cloud:

  • Storage: también llamado GCS es el lugar donde serán almacenados los archivos "fríos" (arquitecturas, datos, archivos auxiliares).
  • BigQuery-DEV-Staging: tabla que conecta los datos del storage al proyecto basedosdados-dev en bigquery
  • BigQuery-DEV-Producción: tabla utilizada para pruebas y tratamiento vía SQL del conjunto de datos

7.3 Crea la tabla en el bucket del GCS y BigQuey-DEV-staging, usando la API de Python, de la siguiente forma:

```python
import basedosdados as bd

tb = bd.Table(
  dataset_id='<dataset_id>',
  table_id='<table_id>')

tb.create(
    path='<ruta_para_los_datos>',
    if_table_exists='raise',
    if_storage_data_exists='raise',
)
```

Los siguientes parámetros pueden ser usados:


- `path` (obligatorio): la ruta completa del archivo en tu computadora, como: `/Users/<tu_usuario>/proyectos/basedosdados/mais/bases/[DATASET_ID]/output/microdados.csv`.


!!! Tip "Si tus datos están particionados, la ruta debe apuntar a la carpeta donde están las particiones. En caso contrario, debe apuntar a un archivo `.csv` (por ejemplo, microdados.csv)."

- `force_dataset`: comando que crea los archivos de configuración del dataset en BigQuery.
    - _True_: los archivos de configuración del dataset serán creados en tu proyecto y, si no existe en BigQuery, será creado automáticamente. **Si ya has creado y configurado el dataset, no uses esta opción, pues sobrescribirá archivos**.
    - _False_: el dataset no será recreado y, si no existe, será creado automáticamente.
- `if_table_exists` : comando utilizado si la **tabla ya existe en BQ**:
    - _raise_: retorna mensaje de error.
    - _replace_: sustituye la tabla.
    - _pass_: no hace nada.

- `if_storage_data_exists`: comando utilizado si los **datos ya existen en Google Cloud Storage**:
    - _raise_: retorna mensaje de error
    - _replace_: sustituye los datos existentes.
    - _pass_: no hace nada.

!!! Info "Si el proyecto no existe en BigQuery, será automáticamente creado"

Consulta también nuestra API para más detalles de cada método.

7.4 Crea los archivos .sql y schema.yml a partir de la tabla de arquitectura siguiendo esta documentación

Si lo necesitas, en este momento puedes alterar la consulta en SQL para realizar tratamientos finales a partir de la tabla staging, puedes incluir columna, remover columna, hacer operaciones algebraicas, sustituir strings, etc. ¡El SQL es el límite!

7.5 Ejecuta y prueba los modelos localmente siguiendo esta documentación

7.6 Sube los metadatos de la tabla en el sitio:

Por ahora solo el equipo de datos tiene permisos para subir los metadatos de la tabla en el sitio, por eso será necesario contactar con nosotros. Ya estamos trabajando para que, en un futuro próximo, los voluntarios también puedan actualizar datos en el sitio.

7.7 Sube los archivos auxiliares: 

st = bd.Storage(
  dataset_id = <dataset_id>,
  table_id = <table_id>)

st.upload(
  path='ruta_para_los_archivos_auxiliares',
  mode = 'auxiliary_files',
  if_exists = 'raise')

8. Enviar todo para revisión

¡Uf, eso es todo! Ahora solo queda enviar todo para revisión en el repositorio de Base de los Datos.

  1. Clona nuestro repositorio localmente.
  2. Da un cd a la carpeta local del repositorio y abre una nueva branch con git checkout -b [dataset_id]. Todas las adiciones y modificaciones serán incluidas en esa branch.
  3. Para cada tabla nueva incluir el archivo con nombre table_id.sql en la carpeta queries-basedosdados/models/dataset_id/ copiando las queries que desarrollaste en el paso 7.
  4. Incluir el archivo schema.yaml desarrollado en el paso 7
  5. Si es un dataset nuevo, incluir el dataset conforme las instrucciones del archivo queries-basedosdados/dbt_project.yaml (no te olvides de seguir el orden alfabético para no desordenar la organización)
  6. Incluye tu código de captura y limpieza en la carpeta queries-basedosdados/models/dataset_id/code
  7. Ahora solo falta publicar la branch, abrir el PR con las labels 'table-approve' y marcar al equipo de datos para corrección

¿Y ahora? Nuestro equipo revisará los datos y metadatos enviados vía Github. Podemos contactarte para resolver dudas o solicitar cambios en el código. Cuando todo esté OK, hacemos un merge de tu pull request y los datos son automáticamente publicados en nuestra plataforma!